Mediante la formula di Euclide si puo' calcolare la distanza tra due punti identificati da coordinate cartesiane x,y,z.

Quindi dati due punti A con Xa, Ya e Za e B con Xb Yb e Zb la loro distanza (D) si puo' calcolare facendo la radice qudrata della sommatoria delle distanze quadratiche di ogni coordinata:

D = radq{Sommatoria[(Xa-Xb)^2+(Ya-Yb)^2+(Za-Zb)^2]}

se i due punti fossero vicini il valore di D e' piccolo, mentre se sono distanti sarebbe grande. 

Conseguentemente se i punti sono coincidenti D = 0, mentre l'altro limite e' infinito

In modo parallelo se invece di coordinate cartesiane i due punti fossero due sfere di raggio uguale e le coordinate indicassero il centro della sfera allora per D  = 0 le sfere risulterebbero perfettamente sovrapposte. E se le sfere fossero atomi allora D ci darebbe la distanza tra i centri di due atomi.

Se invece di sfere o atomi avessimo molecole e invece di coordinate cartesiane usassimo caratteristiche molecolari (PM, logP e numero di legami rotabili - NROT) allora la distanza D utilizzando X = PM, Y = logP e Z = NROT indicherebbe quanto le molecole potrebbero essere simili chimicamente. Pertanto due molecole con eguali valori di PM, logP e NROT potrebbero avere dei comportamenti identici. Ovviamente la D si puo' calcolare anche con decine, centinaia o migliaia di caratteristiche in quanto la formula di Euclide non preclude all'uso di tre coordinate e quindi:

D = radq{Sommatoria[(PMa-PMb)^2 + (logPa-logPb)^2 + (NROTa-NROTb)^2 + ... + (Ia-Ib)^2]}

Pertanto due molecole dove D e' piccola si puo' dire che sono simili a prescindere dalla loro struttura se i parametri non fossero descrittivi della struttura stessa, mentre se i parametrei sono strutturali le due molecole sarebbero valutate per la loro similarità strutturale.

Quindi ogni parametro indica una dimensione e si deve immaginare un iperspazio a tande dimensioni che non sono ovviamente cartesiane, ma chimiche.

Spero sia più chiaro